除了北方的麥曲外，至遲在晉代南方已出現(xiàn)了團狀的米曲。晉人嵇含在《南方草木狀》中記載了南方的草曲，也即米曲，這是關(guān)于南方米曲的最早記載。

小曲一般是南方所特有，從晉代第一次在文獻中出現(xiàn)以來，名稱繁多，宋代《北山酒經(jīng)》中共有四例。其制法大同小異，采用糯米或粳米為原料，先浸泡蓼葉或蛇麻花，或絞取汁。取其汁拌米粉，揉面米團。

傳統(tǒng)小曲的生產(chǎn)流程：

陳酒藥　水　米粉　辣蓼草末→拌料→打?qū)崱袎K→滾角→接種→入缸保溫培養(yǎng)→入匾培養(yǎng)，換匾，并匾→裝籮，出籮→曬干。

傳統(tǒng)小曲生產(chǎn)流程

傳統(tǒng)的麥曲，完全采用天然接種微生物的方式。小曲的接種在宋代以前，也不例外。但在<<北山酒經(jīng)>>中則記載了一種人工接種的方式，即：“團成餅子，以舊曲末逐個為衣”。也就是說把新制成的曲團在陳曲粉末上滾動一下，陳曲末便粘在新曲團的表面，陳曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲團上迅速繁殖，形成生長優(yōu)勢。由于可以人為地選擇質(zhì)量較好的陳曲作為曲種，這就可以擇優(yōu)汰劣。通過年復(fù)一年的人工選育，自然淘汰，質(zhì)量優(yōu)越的曲種（實際上是微生物菌種）就保留下來了。而天然接種的酒曲，酒曲中微生物的來源主要是水源，原料本身所帶入，或者制曲場所及用具。性能優(yōu)良的菌種無法代代相傳，酒質(zhì)也就無法恒定。

明清時期，小曲中加入種類繁多的中草藥，成為這一時期的特點。明《天工開物》中說：“其入諸般君臣與草藥，少者數(shù)味，多者百味，則各土各法，亦不可殫述?！边@種傳統(tǒng)做法一直延續(xù)至現(xiàn)代。周恒剛先生在1964年搜集的四川邛崍的藥曲配方中，有一例，其配方中用藥達72味，合計50多公斤，可配1460公斤的原料（《糖化曲》，1964年，中國財經(jīng)出版社）。但小曲也有少加甚至不加藥的。如明代的東陽酒曲中只加辣蓼。寧波白藥也是如此。故明代以來，小曲向藥小曲和無藥小曲兩個方向發(fā)展。

小曲中的微生物主要是根霉，據(jù)有關(guān)科技工作者分離鑒定，在分離到的828株毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不僅具有糖化作用，還具有酒化酶，故具有酒化作用。小曲中還有許多其它微生物，現(xiàn)代工業(yè)微生物從中得到不少有益的菌種，繼續(xù)為人類做出貢獻。